تقع الإدارة الرئيسية لجامعة المرقب في مدينة الخمس، وكلياتها موزعة بين المدن التالية: القربوللي، مسلاتة، قصر خيار، الخمس.

واليوم تعد الجامعة من الجامعات الأساسية في ليبيا وهي عضو في اتحاد الجامعات العربية منذ 17/06/2004 م واتحاد جامعات العالم الإسلامي وكذلك عضو في اتحاد الجامعات المتوسطية Unimed منذ 26/06/2018 م.