تقع الإدارة الرئيسية لجامعة المرقب في مدينة الخمس، وكلياتها موزعة بين المدن التالية: القربوللي، مسلاتة، قصر خيار، الخمس ويقع مركز إدارتها في مدينة الخمس. أُطلق على جامعة المرقب (قديماً) عدَّة تسميات، أولها الانتفاضة 1991، ثم ناصر 1992، وأخيراً المرقب، حيث صدر القرار رقم (77) لسنة:2001 م الذي عُدلت بموجبه تسمية الجامعة، لتصبح جامعة المرقب، ومقرها مدينة الخمس، وآلت إلى الجامعة كافة الكليات والفروع، والأصول الثابتة والمنقولة، وحلَّت محلَّ الجامعة السابقة في كافة الحقوق والالتزامات. اختيار هذه التسمية (المرقب) كان تخليداً واعترافا بدور الأجداد والآباء لمعركة المرقب في: 23 اكتوبر 1911 م التي تصدي فيها شعبنا الابي للغزاة الطليان الفاشست الذين هجموا على بلادنا مع مطلع القرن الماضي، واليوم تعد الجامعة من الجامعات الأساسية في ليبيا وهي عضو في اتحاد الجامعات العربية منذ 17/06/2004 م واتحاد جامعات العالم الإسلامي وكذلك عضو في اتحاد الجامعات المتوسطية Unimed منذ 26/06/2018 م، وقد قامت بتوقيع العديد من الاتفاقيات مع العديد من المؤسسات الأكاديمية والبحثية علي المستويين العربي والدولي كما تحصلت الجامعة علي رمز تعريف مؤسساتي PIC No 914580215 بتاريخ 15/11/2018 م لتمكين الجامعة من المشاركة في المشاريع المدعومة من الاتحاد الأوروبي.