في سعيها المستمر من أجل نشر المعرفة والتواصل مع محيطها المحلي والدولي سعت جامعة المرقب منذ تأسيسها الى عقد شراكات وتوأمة مع العديد من الجامعات الإقليمية والدولية، حيث يشرف عليها ويتابعها حالياً مكتب التعاون الدولي بالجامعة الذي يديره د. محمد صلاح الرويمي. القائمة التالية تحتوي على الإتفاقيات الموقعة بين الجامعة والجامعات الاخرى وأخرها اتفاقية الشراكة مع جامعة Link Campus:

• اتفاقية مع جامعة ترايستا - (Trieste) بإيطاليا (2018).
• اتفاقية تعاون علمي مع جامعة خازار - (Khazar) أذربيجان (2010).
• اتفاقية مع جامعة باليرمو - (Palermo) إيطاليا (2009).
• اتفاقية تعاون علمي مع جامعة ديجلى ستادى ميديترينيا - (Degli Studi Mediterranea) إيطاليا (2009).
• اتفاقية تعاون علمي مع جامعة جلاسكو - (Glasgow) اسكتلندا المملكة المتحدة (2008).

• اتفاقية مع جامعة ترايستا - (Trieste) بإيطاليا (2018).
• اتفاقية تعاون علمي مع جامعة خازار - (Khazar) أذربيجان (2010).
• اتفاقية مع جامعة باليرمو - (Palermo) إيطاليا (2009).
• اتفاقية تعاون علمي مع جامعة ديجلى ستادى ميديترينيا - (Degli Studi Mediterranea) إيطاليا (2009).
• اتفاقية تعاون علمي مع جامعة جلاسكو - (Glasgow) اسكتلندا المملكة المتحدة (2008).
• اتفاقية تعاون علمي وثقافي مع جامعة بنها - مصر (2008).
• اتفاقية مع جامعة القاضي عياض بالمملكة المغربية (2005).
• اتفاقية تعاون علمي مع جامعة أسمره - اريتريا (2004).
• اتفاقية تعاون علمي وثقافي وأكاديمي مع جامعة ميونغجي - (Myonigji)كوريا الجنوبية (2002).
• اتفاقية تعاون علمي مع جامعة الجزيرة - السودان (1991).
• اتفاقية تعاون مع جامعة صفاقس - تونس.
• مذكرة تفاهم مع مؤسسة خبراء فرنسا - (Expertise France) لريادة الأعمال بالجامعة (2020).
• اتفاقية شراكة مع جامعة - (Link campus) الايطالية لتفعيل مشروع Libya Up لبناء القدرات، الممول من الاتحاد الأوروبي (2020).
• اتفاقية شراكة مع جامعة (Genova) الايطالية لتفعيل مشروع WHEEL لبناء القدرات، الممول من الاتحاد الأوروبي (2019).